Анализ олигонуклеотидов с использованием JMS-S3000 «SpiralTOF™-plus 2.0»

Введение

Нуклеотид представляет собой соединение, в котором фосфатная группа связана с нуклеозидом, состоящим из основания и сахара, и является строительным блоком дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) и рибонуклеиновой кислоты (РНК). Препараты нуклеиновой кислоты привлекают внимание в качестве терапевтических средств для лечения заболеваний, которые трудно поддаются лечению, и по состоянию на октябрь 2022 г. 16 препаратов нуклеиновой кислоты были одобрены в Японии, США или ЕС.¹). В последние годы синтезированные олигонуклеотиды используются в качестве лекарственных средств на основе нуклеиновых кислот. Подтверждение молекулярной массы синтезированных олигонуклеотидов важно для контроля качества фармацевтических препаратов. В этом отчете мы использовали синтезированный олигонуклеотид (таблица 1) в качестве образца и измерили его с помощью MALDI-TOFMS.

Таблица 1) Базовая последовательность синтезированного олигонуклеотида и м / г значения.

Условия измерения

Матрицу 3-HPA (3-гидроксипиколиновую кислоту) готовили до 20 мг/мл 50% AcN (20 мМ водный раствор цитрата диаммония). В качестве образца использовали 50 мкМ водный раствор синтезированного олигонуклеотида. После смешивания матричного раствора и раствора образца в соотношении 5:1 (об./об.) их наносили на планшет-мишень, сушили на воздухе и измеряли в режимах Linear TOF (режим положительных ионов) и SpiralTOF (режим положительных ионов). .

Результаты и резюме

На рис. 1 представлены результаты измерений в режимах Liner и Spiral TOF. В обоих режимах в качестве наиболее интенсивных пиков наблюдались протонированные молекулы олигонуклеотидов, а также наблюдались аддукты ионов натрия. В режиме Linear TOF трудно разрешить изотопные пики из-за низкого разрешения по массе, но в режиме SpiralTOF было получено разрешение по массе около 40,000 2, и четко наблюдалась изотопная картина. При сравнении моделируемой изотопной картины (рис. 2а) и измеренного масс-спектра (рис. 6.4б) картины изотопных пиков хорошо согласуются. Погрешность массы моноизотопного пика была подтверждена методом внешнего стандарта и составила -1.0 мДа (-XNUMX м.д.).
Как описано выше, было показано, что JMS-S3000 "SpiralTOF™-plus 2.0" является очень эффективным аналитическим инструментом для анализа нуклеиновых кислот.

Рис. 1. Масс-спектры для режима LinearTOF (b) и режима SpiralTOF (a).

Рис. 2 Сравнение теоретической изотопной картины (а) и полученной изотопной картины [M+H]⁺(Б).

Референции

1) Веб-сайт отдела молекулярных мишеней и продуктов генной терапии, Национальный институт медицинских наук, Япония
(https://www.nihs.go.jp/mtgt/pdf/section2-1.pdf)

Признание

Образец предоставлен профессором Масуми Таки, Университет электрокоммуникаций.

Решения по областям применения

Лаборатория / Патология

Биология / Науки о жизни

Сопутствующие продукты

MALDI: времяпролетный масс-спектрометр JMS-S3000 SpiralTOF™-plus 2.0 с матричной лазерной десорбцией/ионизацией

Категория продукта

Времяпролетный масс-спектрометр с матричной лазерной ионизацией (MALDI-TOFMS)