Измерения MALDI-ISD с использованием режимов SpiralTOF и LinearTOF прибора JMS-S3000 “SpiralTOF™” | Примечания по применению

Введение

Лазерная десорбция/ионизация с помощью матрицы (MALDI) в сочетании с распадом в источнике (ISD) является полезным инструментом для выполнения нисходящего секвенирования целых белков. В этой работе мы измерили и сравнили ионы фрагментов ISD, полученные для нескольких белков, используя режим MALDI-Spiral высокого разрешения и режим MALDI-Linear высокой чувствительности, доступные в системе JEOL SpiralTOF MALDI-MS.

Экспериментальный

Образцы белка миоглобина и бычьего сывороточного альбумина (БСА) были отдельно растворены в 0.1% водном растворе трифторуксусной кислоты с фиксированной концентрацией 10 пмоль/мкл. 1,5-диаминонафталин (ДАН), который может обеспечить хорошее соотношение сигнал/шум для ионов фрагментов ИСД^[1], использовался в качестве матрицы MALDI. Матрица DAN была растворена в 0.1% водной трифторуксусной кислоте/50% ацетонитриле с фиксированной концентрацией матрицы 10 мг/мл. Затем матрица и растворы образцов были смешаны 1/1 (об./об.), а затем 1 мкл каждого раствора был нанесен и высушен на целевой пластине MALDI. После этого каждый образец был проанализирован в трех повторах на JEOL JMS-3000 SpiralTOF™ с использованием как режима SpiralTOF, так и режима LinearTOF.

Результаты

Масс-спектры миоглобина и BSA ISD для измерений LinearTOF и SpiralTOF показаны на рисунках 1 и 2 соответственно. В обоих наборах спектров ISD доминировала серия c-ионов. Масс-спектры линейного режима показали более высокую чувствительность в целом, особенно для ионов более м / г 5,000 (показано в м / г 4000-7000 увеличенных областей). Однако, как и ожидалось, линейный TOF не обеспечил полного изотопного разделения этих c-ионов (см. вставки для ионов миоглобина c35 и BSA c33). Напротив, измерения в режиме SpiralTOF полностью разделили эти ионы и связанные с ними изотопы, как показано на вставках рисунков 1b и 2b соответственно, но имели меньшую чувствительность при более высоких м / г значения.

Рис.1 Спектры ISD миоглобина (молекулярная масса: 16,952 XNUMX Да) с использованием (a) режима LinearTOF, (b) режима SpiralTOF.

Рис.2 Спектры ISD BSA (молекулярная масса: 66,430 XNUMX Да) с использованием (a) режима LinearTOF, (b) режима SpiralTOF.

Рис.3 Результат поиска талисмана для образца миоглобина.

Поиск в базе данных Mascot MS/MS с использованием данных LinearTOF идентифицировал каждый образец как миоглобин и BSA соответственно. В качестве примера на рисунке 3 показан результат поиска в базе данных Mascot для образца миоглобина. Эти результаты показали, что, несмотря на то, что данные ISD Linear не содержат точных масс и не обеспечивают изотопного разделения ионов, данные все равно можно использовать с функцией поиска в базе данных, такой как Mascot, для идентификации белков.

Заключение

В этой работе мы показали краткое исследование, в котором измерения ISD для стандартных белков были измерены с использованием режима SpiralTOF и режима LinearTOF. Режим SpiralTOF обеспечивает высокую точность массы и полностью разделенные изотопные ионы, в то время как режим LinearTOF обеспечивает более высокую чувствительность, особенно для ионов в более высоких м / г область. Кроме того, данные LinearTOF можно использовать совместно с анализом поиска в базе данных для идентификации белков.

Референсы

[1] Примечание по применению JEOL MSTips № 228
[2] Иссей Осака, Мами Сакаи, Мицуо Такаяма, 5-амино-1-нафтол, новая матрица производного 1,5-нафталина, подходящая для матрично-ассистированной лазерной десорбции/ионизации в распаде источника фосфорилированных пептидов, Rapid Communications in Mass Spectrometry, том 27, выпуск 1, страницы 103–108, 15 января 2013 г.

PDF (447 KB)